自二程相续，创立洛学一脉以来，洛学便成为了奠定宋明理学基础的重要学派之一，然则在杨时活动的北宋年间，洛学虽然在士大夫之中一直享有崇高的声誉，却由于涉入了朝堂之上激烈的党争，致使站在旧党立场而与王安石新学相对立的洛学，在北宋中后期两度遭遇官方的明文严禁，受到重大的打击。
杨时于元祐八年（1093年）赴浏阳知县任上，绕道洛阳，经游酢引荐，拜入程颐门下，此时正是在洛学第一次遭逢宋哲宗打击，处境最为困难的时期，而由元佑年间直至宋徽宗即位之后，虽然程颐其间也曾有过短暂的遇赦复官的经历，然而却又旋即被追夺官爵，可以说迄至程颐逝世之日止，洛学为官方所禁的厄运，一直未曾解除。
宋徽宗放弃“建中靖国”的路线之后，对于洛学的打击，较诸哲宗皇帝更为严苛，甚至于“于是有旨追毁（程颐）出身以来文学”[3]，禁绝讲学，而且将他的弟子如尹焞、张绎等“遂下河南府体究”[4]，并且“尽逐学徒”[5]，这次学禁足足持续了二十二年之久，一时之间，形成了“其（程颐）立言垂训为世之大禁，学者胶口无敢复道”[6]的局面，杨时置身在这样的局势之下，仍然利用自己的影响，坚持著书立说，讲学授徒，成为了散布天下的洛学士子心目之中的中流砥柱。
这段时间内杨时的主要著述精力，放在了对二程语录的整理编纂以及对于程颐的《伊川易传》的校订上面。
由于洛学遭禁，朝廷又下令尽逐程颐门下弟子，是以一时洛学弟子，散布四方，而朝廷又禁绝洛学公开讲习，由此造成了在当时的情况下，洛学学说的传播只能由散布各地的弟子之间私下口耳相传。
程颐在讲学之时，有时常会举些“迂恠之论”[7]以作为弟子们的反面例证，而在当时那种传播洛学不得不采取的口口相传的间接传递之中，在缺乏可靠文本记录的情况下，这些杂于正论之中的言说，却是难免“学者渐众，殊不可晓”，于是出现了杨时所忧心的“先生语录传之寝广，其间记录颇有失真处”[8]的境况，是以杨时认为在这种时候，他作为程门最正统的传人之一，有责任对于二程语录“收聚删去重复与其可疑者”[9]，然后与游定夫、胡康候以及洛中“朱教授”等曾经当面与闻二程教诲的学者们“候寻便以书询求，异时更相校对”[10]，然后再“稍加润色，共成一书”，希望能够借此厘定清楚真正正统的程门之学，使之播扬天下，“以传后学，不为无补”[11]。
在洛学迭逢打击，学者四散的情况之下，杨时此举，无疑对于保存二程.真正学说，保证洛学学者能够在当时的条件得到最为正统的传承，而使洛学不至于真正沦丧成为迂诞之说，起到了至关重要的作用。
杨时以维系洛学正统为己任的责任感，在他的《与游定夫书》中表露无遗：“先生之门，所存惟吾二人耳，不得不任其责也！”[12]
二程以“天理”立论，完成了在北宋诸子相续推动下儒学由宇宙论向本体论的转化，构筑起了以“天理”论为中心的理学思想体系。这一思想体系的渊源乃自儒家经典之中拈出，而其最终的完成，则也必须落实在以理学的思想体系来对于儒家经典进行重新诠释上面。
据《二程遗书》卷十八所载，有人问程颐：“闻有《五经解》，可成乎？”[13]可见虽然直至朱熹才完成了以理学体系遍注儒经的工作，但早在程颐在世之时，就已然有了意欲以自己的理学体系，来重新解注儒家经典的想法。而程颐对于这一问题的回答则是：“惟《易》须亲撰，诸经则关中诸公分去，以某说撰成之。”[14]从这里也可以看出程颐对于解注《易经》的工作的重视，杨时所谓：“先生道足为世师，而于易尤尽心焉”[15]，确非虚言。
由于当时处于理学草创之初，理学学说之中许多根本性的问题，都还未曾来得及展开讨论，学生们也比较难以熟练地使用理学系统的概念，来重新解注儒家经典，是以斯后程颐的弟子刘绚、谢缇均都曾作《春秋传》，但程颐却对于他们的成果很不满意。因此，作为程颐所惟一传世的《伊川易传》，诚可谓是当时惟一的一部系统地以理学体系的概念来对儒家经典文献进行重新解释的范本，在二程乃至整个洛学的传承当中，都具有极为重要的地位。
但由于当时洛学及程颐本人迭逢打击的局势，《伊川易传》“方草具未及成书，而先生得疾，将启手足”，是以“以其书授门人张绎”，但张绎在程颐去世之后一年内也自与世长辞，于是“未几而绎卒，故其书散亡”。[16]
在杨时校订《伊川易传》之时，由于张绎亡故后，其书散亡，从而造成了其时《伊川易传》“旧本西人传之以多”，但是“学者无善本”。而杨时则通过其友谢显道，得到了程颐先生《伊川易传》的手稿，据其在《校正伊川易传后序》里说：“政和之初，予友谢显道得其书，于京师示予”，但是由于其间不知经历了何等辗转，这些手稿已然是“错乱重复，几不可读”，是以杨时花费了经年累月的时间，对于《伊川易传》进行重新校订，“去其错乱重复，逾年始完”。而且杨时因为觉得自己“得其书晚不得亲受旨训”，是以对于手稿之中“其谬误有疑而未达者”，都采取了“姑存之以俟”的态度。这样不但保证了伊川先生易学思想的正统传承，也使得《伊川易传》的原始文本得以保持原貌。
杨时在洛学迭遇打击，甚至遭到官方明令禁止的时刻，仍然不遗余力地修订《伊川易传》，编纂二程语录，其目的不外希望能够通过这些书藉，将纯正的二程之学播扬开来。其对于洛学在逆境之中的传承，甚至对于后世之学者能够获取二程学说的原貌，都有着不可替代的作用。
宋徽宗年间，在蔡京等当朝权臣鼓吹王氏新学，而对于程颐及洛学给予一系列打击的情况下，作为程门高弟，当时深孚文人士子之望的杨时，却在这样的情况下逆势而上，以年逾古稀之龄，被徽宗皇帝由当时的外任小吏召至中枢。宣和六年（1124年），徽宗召时已七十二岁的杨时以秘书郎上殿，第二年又转迁著作郎，七月份时，更给予杨时迩英殿说书的头衔。这是其师程颐曾经担任过的职务，有等若“帝师”之尊荣。靖康元年（1126年）的时候，杨时更是兼任了国子祭酒，成为名副其实的士人清流之领袖。然而与杨时的迭遇升迁相映成趣的是，朝廷上对于洛学学说的禁令，直至靖康之时金人已然兵临城下之际，才“除元祐党藉学术之禁”[17]，甚至就在召杨时返回中枢的前一年宣和五年（1123年）七月，徽宗皇帝还专门下诏禁元祐学术，声称天下举人有传习元祐学术者，则以违制论处。
杨时此次的起用，是由当时的权臣蔡京援引而得官，《宋史·杨时传》中记载了蔡京起用杨时的原因是：“时天下多故，有言于蔡京者，以为事至此必败，宜引旧德老成置诸左右，庶几犹可及，时宰是之”，[18]《宋史·奸臣传二》亦称蔡京之子蔡翛“时弟兄亦知事势日异，其客傅墨卿、孙傅等复语之曰：‘天下事必败，蔡氏必破，当亟为计。’翛心然之，密与攸议，稍持正论，故与京异。然皆蓄缩不敢明言，遂引吴敏、李纲、李光、杨时等用之，以挽物情”[19]，可见此次蔡京起用杨时，并不是因其改变了鼓吹新学而打击洛学的立场，只是希望杨时能成为在这个时局危难之时稍有补于残局的他的一颗棋子罢了。
然而即便是这样，杨时的此次出仕，对于一直在逆境中挣扎的洛学，也诚可谓是意义重大。毕竟杨时作为二程之学的正宗传人，作为在洛学遭禁的这些年间仍自坚持著书传学的洛学忠实门徒，其声名早已天下皆知，这样的一个人物陡然间得享高位，对于多年来一直散布各处、遭受打压的洛学学者而言，无疑是一个强有力的精神鼓励，而杨时进入了朝堂之上，也使得原本就在洛学学者之中具有极高声望的他，在两宋之交的乱世中有最大的可能与力量来登高一呼，为洛学的传播和南宋理学的形成，做人才与理论上的双重储备。
杨时也主动意识到了自己此番出仕的使命与意义，是以自其位列朝堂开始，便一直捉住所有的时机，对当时尚是朝堂主流的王安石新学展开批判，从而争取由洛学替代王氏新学而成为官方意识形态的机会。
由于杨时的此番出仕不过是蔡京等权臣在时局动荡之际的一次具有宣示意味的权术操.弄，是以杨时虽然被加了不少名义尊崇的荣衔，然而在当时朝堂之上尽由蔡京一党把持朝政的局面之下，不但以洛学取代王氏之学成为官学的理想根本不可能实现，甚至于想稍稍改变洛学受压制的状态，都自无能为力。
然而杨时的出仕并进入朝堂的权力核心，客观上却是使得洛学在原本在蔡京等人操控之下王氏新学一党独大的赵宋朝廷之上，获得了一席之地，尤其是在当时那种局势艰危，风雨飘摇的时刻，这种参与更是具备了往常不可比拟的意义，毕竟当时那由于边关烽火频传、赵宋帝位更迭而带来的充满变化的时局，恰恰给洛学的由潜到显提供了无数的可能性。
是以在靖康元年（1126年），女真人跃马南下，赵宋政权岌岌可危的情况下，杨时捉住机会向刚刚即位的钦宗皇帝连上了几道奏书，除了陈述排和议、争三镇、一统帅等具备实际操作性的建议之外，重点却是站在理学学者的立场，向钦宗皇帝讲述理学理论体系指导下以“正心诚意”为本的治国方略，并对于荆公新学提出了激烈的批判与抨击。
杨时声称：“臣闻古之欲明明德于天下者，先治其国；欲治其国者，先齐其家；欲齐其家者，先修其身；欲修其身者，先正其心；欲正其心者，先诚其意；欲诚其意者，先致其知；致知在格物，物格而后知至，知至而后意诚，意诚而后心正，心正而后身修，身修而后家齐，家齐而后国治，国治而后天下平”[20]，而在这个推导的逻辑链条之中，杨时认为“自一身之修推而至于天下，无二道也，本诸诚意而已”[21]。
以“正心诚意”作为君王治道的根本，这也是杨时一贯的思路，他曾多处表达过相同的意思，自然，杨时站在洛学传人的立场，对于“正心诚意”，也自是加以了理学理论体系之内的诠释。他曾言：“季常在京时，尝问正心诚意如何便可以平天下？与之言：‘后世自是无人能正得心，若能正得心，其效自然如此’”，在他看来，“正心诚意”“此须是于喜怒哀乐未发之际，能体所谓中，于喜怒哀乐即发之后，能得所谓和”[22]，能够做到这样，那么“致中和，自然天地可位，万物可育，其于平天下何有？”[23]
在杨时看来，他的这种君王治道的构想，是对于以往荆公新学的一种拔乱反正。他认为王安石的治道思想是自恃“聪明有以胜人然后可以制人而止其乱”[24]，然而杨时认为这样将会导致“若怀其胜心，而施之于事，必于一己之是非为正……又固执之以不移，此机巧变诈之所由生也”[25]，所以真正符合圣人之道的君王治道，应该是通过“正心诚意”，来体认天理，进而“存天理，去胜心”，从而达到“胜心去尽，而惟天理之循，则机巧变诈不作”[26]的境界，只有这样，才有可能达到修齐治平的目的。
在杨时的话语体系当中，君王本着“正心诚意”而体认天理，不但是达到修齐治平目的的有效途径，而且是惟一途径，他认为“朝廷做事，若要上下小大同心同德，须是道理明。盖天下只是一理，故其所为必同。若用智谋，则人人出其私意，私意万人万样，安得同”[27]。是以他在《上渊圣皇帝书》中说：“臣窃谓君臣相以之际，当以诚意为主”[28]，认为只要钦宗皇帝能够本着正心诚意，自然便可以应付眼前的难关，甚至达到天下大治的目的
而与此同时，他在上钦宗皇帝的另一折奏书之中，更是直接对于王安石之学大加鞭挞，甚至于将蔡京一党窃居朝政以来的种种倒行逆施，都归罪到王安石的头上，声称：“（蔡）京得以肆意妄为，而致今日之祸者，实安石有以启之也”[29]，是以要求钦宗皇帝执行“正安石学术之谬，追夺王爵，明诏中外，毁去配享之像”[30]等种种激烈的举动，以“使淫辞不为学者之惑”[31]。