标题：平和の国大天使号与追击的萨拉队展开了激战，由于作战地点十分靠近中立国奥布的近海领域，因此双方同时受到奥布军的警告。卡嘉莉表明了自己是奥布公主的身份，几乎被大破的大天使号进入了奥布的基地，萨拉队被迫撤退。奥布的领导人乌兹米?纳拉?阿斯哈向玛琉等人表明了愿意向大天使号提供协助的态度；但作为交换条件，奥布必须得到强袭高达的战斗数据，以及基拉必须到曙光社进行技术支持。
第26集
标题：モ?メント总集编。并添加了对五部集体的资料说明。
第27集
标题：果てなき轮舞萨拉队一行四人借着奥布内部亲plant派的帮助秘密潜入了奥布。与奥布达成协议的大天使号开始在奥布的基地中进行修理工作；另一方面，曙光社的技术主任艾莉卡开始解析强袭高达的战斗数据。基拉来到曙光社，不但见到了曙光社正为奥布开发的m1astray，还遇上了卡嘉莉。艾莉卡要求基拉协助曙光社开发m1astray的操作系统。
第28集
标题：キラ玛琉向塞、多尔等人宣布了可以在军队本部与家人会面的消息。除了芙蕾之外，众人都十分兴奋。在基拉调试m1astray系统的闲暇里，卡嘉莉向基拉谈起了自己加入抵抗组织的原因。塞等人和父母见了面。不愿意见到父母的基拉在大天使号内等待着芙蕾，此举却被芙蕾认为基拉是在同情她，失态的芙蕾撕开了基拉心底的伤痕。基拉的父母单独与乌兹米?纳拉?阿斯哈会面，言谈之中竟然牵涉着基拉出生的秘密。基拉成功地完成了改良m1astray系统的任务；之后，在调整强袭高达时，阿斯兰送给基拉的机械鸟突然飞走。追寻着机械鸟来到基地操场上的基拉意外地发现了秘密潜入的阿斯兰。
第29集
标题：さだめの楔修理完毕的大天使号即将从奥布的基地中出发。原本想与大天使号一起行动的卡嘉莉被父亲的话所触动，留在了奥布。在乌兹米、基拉的父母以及卡嘉莉等人的送别下，大天使号终于出发。阿斯兰判断出大天使号的行进路线，并在大天使号的必经之路上设伏。双方在公海展开了激战，依靠强袭高达的三种装备，基拉在与萨拉队四机的战斗中占了上风。为了掩护阿斯兰，迅雷高达被使用剑装备的强袭高达拦腰砍中，尼高尔战死。
第30集
标题：闪光の刻迅雷高达被击破后，萨拉队不得已撤退。胜利归来的基拉受到整备班的祝贺，但他本人却因为杀人以及与阿斯兰的关系而无法释怀。另一方面，萨拉队的三人也因尼高尔的死而陷入痛苦之中，特别是阿斯兰无法原谅尼高尔因自己的错误而战死，决意杀掉基拉为尼高尔报仇。萨拉队再度对大天使号发动了攻击。强袭高达、空中霸王一号机与圣盾高达、决战高达和暴风高达开始了惨烈的战斗。混战中，大天使号遭受重创，多尔驾驶空中霸王二号机出击。被穆击落的迪亚克向大天使号投降。赶去支援基拉的多尔被阿斯兰击坠。愤怒的基拉和阿斯兰均发动了seed模式。一番死斗之后，阿斯兰启动了圣盾高达的自爆装置并脱出，强袭高达和圣盾高达同归于尽。
第31集
标题：恸哭の空大天使号刚刚摆脱了萨拉队的纠缠，却又被奥斯曼队追击。在战力严重缺损的情况下，玛琉不得已放弃了对强袭高达和空中霸王二号机的搜寻救援工作，下令撤退。接受大天使号救援请求的奥布军在基拉与阿斯兰激战的地方救起了阿斯兰，并移交给zaft军。被玛尔基奥导师救起的基拉在拉克丝家里苏醒过来。
第32集
标题：约束の地に大天使号终于到达了阿拉斯加，但却被命令在舰内待机。克鲁泽告诉逐渐恢复的阿斯兰，他因出色的表现而将被授予星云勋章。塞一直安慰着因多尔在战斗中失踪痛苦的米丽亚莉雅。大天使号的医务室里，米丽亚莉雅对冷嘲热讽的迪亚克举起了刀，被刚刚进来的塞拦住；随后而来的芙蕾对迪亚克开枪，却因被米丽亚莉雅扑住而射偏。
第33集
标题：?の胎动以维利亚姆?萨扎兰德上校为首，地球联合军军令部开始对大天使号上的指挥人员进行审议。另一方面，养伤中的基拉得到了拉克丝的精心照顾。虽然肯定了大天使号的战绩，但萨扎兰德上校认为玛琉对此前一系列的事态应负相当的责任。查问会结束后，萨扎兰德还下达了穆、娜塔尔和芙蕾的转属命令。为了接受星云勋章，阿斯兰从地球乘坐穿梭机返回plant。
第34集
标题：まなざしの先に穆、娜塔尔和芙蕾三人告别了大天使号。随后大天使号接到命令，由第八舰队转属阿拉斯加守备军第五护卫队。由帕特利克?萨拉亲自发布命令，zaft军发动了spitbreak作战。然而其目标却并非原先的巴拿马，而是地球联合军总部所在的阿拉斯加。在联合军主力全往巴拿马布防的情况下，作为守备队的大天使号不得不出击迎战。正在拉克丝家里休养的基拉得知了spitbreak作战发动的消息，为大天使号上的友人们担心不已。侵入联合军总部的克鲁泽遇到了尚未离开的芙蕾。听到克鲁泽的声音，芙蕾的眼前出现了父亲的幻觉。克鲁泽将芙蕾击昏并带走。拉克丝领着基拉来到自由高达的格纳仓库。带着拉克丝的期盼，基拉驾驶着自由高达离开了plant。依靠着自由高达的强大力量，基拉轻易击破了两架拦截的ms，却与刚从地球返回的阿斯兰失之交臂。
第35集
标题：舞い降りる?“真?spitbreak作战”进行中。虽然zaft军取得了压倒性的优势，但由于联合军的顽强抵抗所造成的伤亡也不少。克鲁泽、穆和娜塔尔得知了联合军真正的作战计划，即以阿拉斯加基地为诱饵，把zaft军吸引到这里，然后使用半径为10千米的破坏武器――“独眼巨人”予其毁灭性的打击。穆返回到大天使号上，并将联合军的真意告诉了玛琉等人。玛琉决定撤出战场。然而，大天使号正被密密麻麻的zaft部队重重包围着。千钧一发之际，驾驶自由高达的基拉赶到，为大天使号解了围。基拉将通过玛琉得知的联合军的作战方案，于是通告了正在交战的双方，并劝双方停止交战，迅速撤离阿拉斯加基地。“独眼巨人”系统启动，并造成了巨大的破坏。“spitbreak作战”失败的消息传到了刚刚回到plant的阿斯兰耳中，同时，他还得知了“在拉克丝的帮助下，新ms被夺取”的消息。
第36集
标题：正义の名のもとに由于“spitbreak作战”的失败及自由高达被夺取，plant陷入一片混乱之中。plant最高评议会议长帕特利克?萨拉命令刚回到plant的阿斯兰去搜索自由高达被盗的协力人――拉克丝。另一方面，与大天使号合流的基拉与众人商讨今后的出路。因为大天使号是未经许可私自撤离战场，所以返回联合军的话肯定会以敌前逃亡罪被拘捕，还不如流亡到奥布。阿斯兰终于找到了拉克丝，然而对于拉克丝“战斗的意义”的疑问，他却无以为答。被拉克丝告知基拉在地球上，阿斯兰驾驶着正义高达开始出击。
第37集
标题：神のいかずち大天使号到达奥布，然而却无法自由行动。奥布原代表乌兹米?纳拉?阿斯哈接到了地球联合“若不协力则视为敌对行为”的威胁。在地球联合军的另一处重要据点巴拿马，于“spitbreak作战”中遭受严重失败的zaft军卷土重来，想要破坏巴拿马的质量加速机（massdriver）；联合军方面则投入了量产型msgat－01strikedagger以对抗，但在zaft军的超级武器“贡格尼尔”（这个名称来源于北欧神话中主神奥丁所使用的长矛）面前几无抵抗之力。奥布将回收修复后的强袭高达转交给了大天使号，换成可由自然人进行操作的操作系统之后，配给了穆驾驶。
第38集
标题：决意の炮火巴拿马之战的结果是联合军高层（不如说是大西洋联邦的人更合适）万万没有想到的，焦虑的他们派蓝色波斯菊的总帅穆尔塔?阿兹拉艾尔率领太平洋舰队前往讨伐“非我即敌”的奥布。随同他们前往的除了量产型ms外，还有最新的三部gat系列高达。联合军的太平洋舰队兵临城下，一直保持中立的奥布不得不准备开战。大天使号决定帮助奥布抵抗联合军的技工，因此基拉驾驶的自由高达和穆驾驶的强袭高达与奥布的m1astray一起并肩作战。众人陷入了与无视光束攻击的禁断高达、强力的接近战型强夺高达以及高火力的灾厄高达的苦战之中。而在这时，前来援助基拉等人的，是阿斯兰驾驶的正义高达和被释放的迪亚克驾驶的暴风高达。
第39集
标题：アスラン在阿斯兰及迪亚克的帮助下，基拉等人击退了驾驶三部最新的gat系列高达的克罗特、夏尼和奥尔加，联合军太平洋舰队也因此被迫撤退。原来克罗特等三人并非像基拉那样天生具有ms机师的禀赋，而是要借助药物人为地获得操纵ms的能力，所以实际上也是一种“强化人”（boostedman）。另一方面，基拉和阿斯兰这对好朋友终于可以笑颜相对，站到一条战线上来。而此时的联合军太平洋舰队重整了态势，以驾驶高达的克罗特三人为核心，再度来袭。
第40集
标题：?の宇宙的舰长，军衔也晋升为少校。
第42集
标题：ラクス出?阿斯兰前往zaft的宇宙要塞“雅金?杜埃”与父亲见面，但帕特利克?萨拉“这场战争的目的就是为了灭绝自然人”的回答让阿斯兰彻底死了心。为了从阿斯兰那里获取自由高达与正义高达的所在，帕特利克将阿斯兰拘禁起来；得知消息的拉克丝等人立即开始行动起来。将脱出的阿斯兰收容的，是以拉克丝为指挥官的zaft军的新造战舰“永恒号”，而舰长正是安德鲁?巴特菲尔德。向宇宙要塞“雅金?杜埃”发进的永恒号遭到了zaft军追击队的攻击。危急时刻，驾驶自由高达的基拉出现，解救了永恒号。草剃号、大天使号和永恒号在l4的殖民卫星“门德尔”会合了。安迪、拉克丝这些“克莱茵派”的人，也与大天使号的众人再度见面。
第43集
标题：立ちはだかるもの得到zaft军正在向大天使号驻留的l4殖民卫星群发进的消息后，蓝色波斯菊的总帅穆尔塔?阿兹拉艾尔带着三架高达来到主天使号上，准备抢先一步对大天使号发动攻击。另一方面，正在追击永恒号途中的克鲁泽，似乎对门德尔这个地方十分的熟悉。主天使号对大天使号、永恒号及草剃号所在的门德尔发动了突袭。除了未完成最终调试的永恒号之外，大天使号和草剃号先后出动迎战。双方交战之前，娜塔尔向大天使号表明了自己的身份，劝众人投降并表示愿意在军事法**作证；但被玛琉婉言谢绝。在娜塔尔的出色指挥下，大天使号被打得毫无还手之力，草剃号也被牵制住无法行动。克鲁泽队于此时赶到。看着正在交战的双方，克鲁泽决定带着伊扎克秘密潜入门德尔。感应到克鲁泽的存在的穆也和迪亚克回到了殖民卫星。前去帮助大天使号的基拉，自己也陷入了极其严重的境地。
第44集
标题：螺旋の邂逅危急时刻，基拉和阿斯兰先后爆发了种能力，将不利局面扳了过来；克罗特等三人被打得一败涂地，机体能量逐渐见底；与此同时，草剃号也摆脱了牵制，前来协助大天使号。见势不妙的娜塔尔当机立断，下令撤退。另一方面，穆和迪亚克在殖民卫星内部遇上了秘密潜入的克鲁泽和伊扎克，四人捉对展开了激烈的ms战。得知驾驶暴风高达的对方正是迪亚克的伊扎克大吃一惊，而迪亚克也要求和伊扎克谈一谈。发觉穆和迪亚克仍未归来的基拉也前往殖民卫星内部，正好救下了被克鲁泽击伤的穆。在克鲁泽的有意带领下，穆和基拉来到了研究所内部。在研究所里，克鲁泽不仅说出这里就是基拉的出生地，而且还透露出一个惊天的秘密……
第45集
标题：开く扉在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和基拉两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：原来基拉是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工**里成功出生的新人类；而克鲁泽竟然是穆的父亲――阿尔塔?佛拉达的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着**的世界。穆和基拉留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。克罗特等三人恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和自由三架高达均未返回的大天使号，只得由正义高达独自应战。另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。
第46集
标题：たましいの场所战斗中，芙蕾带着“打开门的钥匙”乘上救生舱离开了威萨利乌斯号，并发出了救命信号。听到芙蕾的声音后，基拉迅即赶往救生舱，但却为三个强化人所阻拦，救生舱被主天使号回收成功。终于得到了“打开门的钥匙”里关于“中子干扰消除器”的情报，阿兹拉艾尔不禁大喜过望。遭到主天使号和zaft舰队夹击的大天使号等三艘战舰突破了zaft舰队的阻击。草剃号和永恒号向zaft的旗舰威萨利乌斯号合力发动了攻击。在曾经的部下阿斯兰和迪亚克的敬礼中，亚迪斯舰长和威萨利乌斯号永远地消失在漆黑的宇宙之中。由于主天使号的三个强化人都达到了活动的界限，zaft方面也失去了旗舰威萨利乌斯号，大天使号等终于在激战中得以生还，但受伤醒来的基拉却因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克丝的膝上痛哭不已。
第47集
标题：?梦は再び得到了“中子干扰消除器”的情报的主天使号暂时撤离了战斗，向月球方向撤退，准备用核武器来压制新人类。然后，从月面基地发进的地球联合军第六、第七舰队带着装备了“中子干扰消除器”的核弹头向zaft军的宇宙要塞“博亚兹”进军。没有料想到地球方面会拥有“中子干扰消除器”的zaft军被打得大败。醉心于“博亚兹”的胜利的地球联合军，更进一步地向plant本国发射了核弹，幸好被驾驶自由高达和正义高达的基拉和阿斯兰联手阻止。焦虑不已的帕特利克?萨拉生怕“染血的情人节”的悲剧再现，决定对地球联合军的舰队使用zaft方面的核武器――“genesis（创世纪）”。
第48集
标题：怒りの日zaft军的秘密武器“创世纪”所放出的γ射线肆意地射向地球联合军的宇宙舰队，地球联合军伤亡惨重。虽然深为“创世纪”的恐怖所震撼，蓝色波斯菊的盟主阿兹拉艾尔却主张继续攻击。在彼此的兵器的恐怖和被煽动的战意驱动下，地球联合军和zaft军开始向你死我活的战场发进。另一方面，基拉等人为了阻止核武器和创世纪继续造成破坏，决定介入地球联合军和zaft军的死斗。最终之战的序幕，即将拉开。
第49集
标题：终末の光“创世纪”发动了第二波攻击，直接摧毁了月面基地，从月面基地出发的地球联合军舰队也被全灭。断绝了后路和援军的主天使号在阿兹拉艾尔的坚持下只得孤军奋战。在激烈的战斗中，m1astray小队成员大半阵亡，使得卡嘉莉的种能力觉醒；禁断高达和灾厄高达相继被赶来协助的决战高达和正义高达击毁；穆所驾驶的强袭高达在与克鲁泽驾驶的神翼高达的对决中受损，不得不暂时撤回大天使号。大天使号和主天使号仍然在持续地互相攻击。娜塔尔不愿意再继续这种毫无意义的战斗，在阿兹拉艾尔举枪威胁下仍然下令全员弃船，结果自己被阿兹拉艾尔射杀。阿兹拉艾尔单独对大天使号发动了最后的进攻，穆驾驶强袭高达为大天使号挡住了这致命的一击，自己却壮烈牺牲。万分痛苦的玛琉下令击毁了主天使号。
第50集
标题：终わらない明日へ感应到克鲁泽的存在的基拉驾驶着自由高达与天命高达开始了死斗。混战中，迪亚克所驾驶的暴风高达被天命高达的浮游炮击中；驾驶决战高达的伊扎克前来援救，却被强夺高达所阻击。决战高达使用了暴风高达的大型光束炮，将无论是机体还是机师都到达极限的强夺高达击毁，克罗特战死。在与克鲁泽的死斗中，基拉处于一边倒的不利局面，流星系统也被击毁。就在这时，基拉突然发现了逃生艇上的芙蕾，当两人行将见面时，逃生艇被神翼高达的浮游炮击毁，芙蕾死亡。草剃号和永恒号同时向创世纪开火，但由于相转移装甲的保护，创世纪安然无恙。阿斯兰和卡嘉莉决定进入雅金?杜埃要塞内部来破坏创世纪。陷入疯狂的帕特利克?萨拉将创世纪的下一个目标定为北美大陆的华盛顿，并开枪打伤了劝阻他的部下，最后被部下射杀。雅金?杜埃的自爆系统被启动，然而自爆程序上还连带着创世纪的发射命令。阿斯兰决定以一己的牺牲让正义高达在雅金?杜埃内部自爆来阻止创世纪的发射，却被卡嘉莉劝阻。基拉与克鲁泽的死斗也终于到了最后。神意高达的驾驶舱遭到自由高达光束剑的直击，克鲁泽死亡。雅金?杜埃发生爆炸，创世纪同时发射，神意高达首当其冲，自由高达也被波及。plant临时最高评议会发布了停战通告，战争终于结束。劫后余生的阿斯兰和卡嘉莉相拥而泣。在从大天使号上飞出的机械鸟的带领下，阿斯兰和卡嘉莉找到了飘浮在宇宙中的基拉。
――seed完结――